天下会帮主雄霸（千叶真一）欲得天下，请神算泥菩萨（黎耀祥）为他批算，泥菩萨给雄霸预言他的前半生：“金鳞岂是池中物，一遇风云便化龙。”于是雄霸下令找两名小童收为徒弟，他们生辰八字要与泥菩萨批示相符合，以助雄霸建立基业。这两名小童就是聂风（郑伊健）和步惊云（郭富城），即泥菩萨所点的“风云”。
聂风的父亲聂人王为争回妻子颜盈与雄霸决斗于凌云窟，颜盈跳崖自尽，聂人王则死于巨兽火麒麟下。步惊云是步天独子。步天铸得绝世好剑，却被雄霸下令歼灭步家庄，惊云幸存，决心投奔雄霸门下，伺机为父报仇。风、云与大师兄秦霜及雄霸女儿——聪明美丽的孔慈（杨恭如）渐渐成长，雄霸授予三徒儿不同武艺，天下会日渐势大，几乎称霸武林，唯有剑圣可与雄霸匹敌。雄霸与剑圣十年之约亦将迫近。泥菩萨给他显示下半生预言之波斯宝盒仍未能打开，雄霸对此耿耿于怀，于是派大弟子秦霜及聂风四处找火猴，因为欲找泥菩萨必先夺火猴。欲找火猴的江湖中人亦不止雄霸，于是武林中引起争夺火猴之战。与此同时，步惊云替雄霸前往无双城夺取无双剑。
秦霜、聂风终于找到泥菩萨，但泥菩萨在押返天下会途中被雄霸假扮的黑衣人抢走。他迫使泥菩萨打开波斯宝盒，内藏轴卷，上写有：“九霄龙吟惊天变，风云际会浅水游。”泥菩萨再道：“成也风云，败也风云。”孔慈与聂风感情甚笃，但另一方面她又被步惊云桀傲不驯、孤僻怪异的性格深深吸引，与步惊天暗订私情，孔慈在感情上徘徊在两师兄弟之间，岂料雄霸要逆天改命，暗下对付风云两人的计划，明知步惊云深爱孔慈，他却将孔慈许配聂风。孔慈无力抗拒，成为雄霸权力斗争的工具。大婚当夜，步惊云不堪刺激要与雄霸决裂，发誓要带走孔慈。雄霸则乘机出手却错杀亲生女儿孔慈。步惊云伤心欲绝，带着孔慈尸身而去。雄霸因碍于满堂高手和失去女儿之痛亦暂不追究，目送步惊云远去。
翌日聂风带蝙蝠及麻鹰到凌云窟取血菩提，片断的童年回忆让聂风陷于痛苦之中，同时蝙蝠、麻鹰露出本相，原来雄霸命二人于水中下毒杀害聂风。三人搏斗于洞内，火麒麟突然出现，将蝙蝠及麻鹰撕成碎片。聂风急吞食血菩提解毒并增强功力，并用他父亲聂人王当年遗留于洞内的雪饮狂刀与巨兽搏斗，终为父报仇。
另一边，雄霸终于找到步惊云，要置他于死地。雄霸追上步惊云，步惊云惨败，危急之际，自断一臂用鲜血打出排云掌对付雄霸，终于逃走。神医于狱及楚楚（舒淇）将步惊云救回，给他麒麟臂，步惊云武功更进一步。
步惊云、聂风冰释前嫌，携手杀敌齐闯天下会，二人合力，与雄霸决一死战……